Devo deixar a opção do mapeamento como "sim" para um funcionário/pessoa? Não. Deixe sempre essa opção como "NÃO". Só é utilizado quando o empregador é pessoa física.
Habilitei o mapeamento para um funcionário por engano. Como posso corrigir? Para correção destes será necessário a exclusão do cadastro do funcionário em pessoas e posteriormente recadastrar novamente. Caso este funcionário esteja vinculado em uma empresa é necessário demitir.
Irá impactar em algo deixar o funcionário/pessoa com o mapeamento habilitado? Não. Ele apenas irá ser exibido no menu de empresas.
Tenho que habilitar o eSocial para todos os funcionários? Não. A habilitação do eSocial deve ser realizada apenas dentro do cadastro da empresa.